A 19. század elején, a napóleoni háborúk idején az osztrákok egy francia ménesből több fiatal lovat zsákmányoltak, köztük egy Nonius nevű világospej, anglo-norman mént is, melyet 1816-ban Mezőhegyesre osztottak be. Ő lett Nonius Senior, a fajta “ősapja”. 17 éven át állt tenyésztésben, ez idő alatt 368, vegyes fajtájú kancát fedezett, és született utána 79 mén és 122 kancacsikó. A kancák között voltak arab telivérek és spanyol-nápolyi származásúak is. Nonius Senior nem volt feltűnően szép ló, de ezekkel a kancákkal sikerült olyan utódokat létrehozni, amelyek megfeleltek a tenyésztési célnak, amely egy erős testfelépítésű katonai hátas és hámos lófajta kialakítása volt. 15 törzsmén fia összesen 100 tenyészéven keresztül fedezett Mezőhegyes-en.
A nóniuszokkal eleinte szoros rokontenyésztést űztek, hogy rögzítsék tulajdonságaikat. A kialakult küllemi hibák kiküszöbölésére angol telivér ménekkel végzett cseppvérkeresztezést alkalmaztak. A kiegyezés után, a 19. század végén Mezőhegyesen fedezett az a négy mén, amelyek utódaikon keresztül több generáción át rögzítették és alakították a fajtát. 1943-ra az összes fajtatiszta nóniusz mén származása ezeknek a méneknek a genealógiai vonalára vezethető vissza, amelyet akkor neveztek el A, B, C és D vonalnak. A vonalak segítségével kerülték el a további szoros rokontenyésztést. Ez a besorolás mind a mai napig fennmaradt annak ellenére, hogy 1965-ben a törzsmének számozását újból 1-gyel kezdték, tekintet nélkül a korábbi vonalbeosztásra. 1961-ben a mezőhegyesi állományt a Hortobágyra telepítették.
A II. világháború után a nóniusz mint katonaló elveszítette szerepét, és főleg az Alföldön mint igásló vált kedveltté. A mezőgazdaságból is lassan kiszorultak, és számuk ezzel együtt rohamosan csökkent. 1989-ben alakult meg a Nonius Lótenyésztő Országos Egyesület, amely a fajtatiszta tenyésztést és a génmegőrzést tűzte ki elsődleges célul. Talán a legkedvezőbb helyzetben van lófajtáink közül, mert régi nagy ménesei megmaradtak, eredeti kancacsaládjai fellelhetők

A Nokota lófajta hagyományosan az Észak-Dakota állam (Amerikai Egyesült Államok) délnyugati részén él, a 19. században tűnt fel először. A fajtát indiánok lovai, és farmokról elmenekült lovak leszármazottjainak tartják.

A small band of Nokota horses, showing several common colors of the breed
Egy Nemzeti Park létesítésekkor ezen a területen elvették a Nokota fajta természetes környezetét, és ezalatt számos Nokota lovat “befogtak”. A Nemzeti Park kezdeti célja az volt, hogy kipusztítsa ezt a fajtát habár egy kisebb ménes szemléltető célból most már “hivatalosan” is jelen lehet a parkban.

A blue roan stallion
Ezeknek a lovaknak nem csak a weszternesek számára jelent történelmi értéket, hanem a kiemelkedő kultúrális és történelmi értékkel bírnak egyes indián törzsek számára is. Sokan ösztönözték az Észak Dakota-i állam vezetését, hogy jelölje a Nokota fajtát mint “becsületbeli állami fajta”és ezt el is érték 1993-ban. A Nemzeti Parknak ettől kezdve a fajtát történelmi értékként kellett kezelnie.